"Waffle 方法 "
高压冷冻(HPF)已成为低温电子断层成像技术(cryo-ET)的基石,它能以极高的保真度保存原始生物结构,尤其是在厚样本或复杂样本中。为此,通常要在冷冻样品,并所形成的最大200微米玻璃化区域。遗憾的是,玻璃化后的大体积样品,必须在多个维度上进行铣削,以制备样品薄片,然后才能进行电子断层扫描。
近年来有一种样品制备方法越来越流行:Waffle方法",特别是对于较厚的样品。 这种方法的基础由McDonald等人在2010年奠定,并由Mahamid等人在2015年进一步调整,他们首先使用载网作为HPF铜盘之间的样品载体(图 4)。随后,Kelley等人在2022年的一项研究中正式采用了 "华夫饼法 "这一术语,对该技术进行了标准化,并将其应用扩展到各种生物系统中。
与标准的 HPF 厚样品相比,该技术的优势在于为后续的FIB铣削提供了更小体积的样品。样品被放入载网中,碳膜面朝下。这样,在HPF制备后,栅格内会形成一个玻璃化的 "圆盘",厚度约为20-30 µm,而不是100-200 µm。因此,样品所需玻璃化冰层深度大大减少。图 1 显示了成功进行HPF制备后,电镜载网上的小鼠海马脑切片荧光图像(Matsui等人,2024年)。
载网骨架可以稳定网格方格中的结构,以便进行FIB铣削,尤其是在获得约200纳米薄片时。在Kelley等人绘制的图2中,我们可以看到隐藏在图像下的载网骨架。在载网骨架上方,有5对明显的沟槽,以便随后对目标薄片进行精细铣削。
兼容载网作为样品载体
“Waffle方法 "是将样品放在由两个抛光铜盘夹着的载网中。EM ICE支持根据试样需要定制铜盘和隔板,从而实现一致的试样厚度和最佳的冷冻几何形状。根据试样的大小,可使用不同的载网类型(网格孔直径从90微米到500微米不等,通常为正方形,也有六边形)。
高通量和可重复性
EM ICE设计用于可重复的冷冻循环,这在制备多个 "Waffle "样品用于高通量低温 FIB 铣削时至关重要。
样品干扰小
该系统可对样品进行温和处理,并快速转移到液氮中,从而降低了机械损伤或蜕变的风险--这在处理精细的载网组件时尤为重要。
与下游低温工作流程集成
EM ICE广泛应用于包括Cryo-FIB/SEM和Cryo-ET在内的工作流程,使其成为 "Waffle方法 "的天然之选,而 "Waffle方法 "依赖于从冷冻到铣削,再到成像的有效工作流程。
使用EM ICE进行 "Waffle方法 "样品制备
最近, Pöge等人 (elifeSciences)将使用 "Waffle方法 "的样品制备技术扩展到 植物组织 。研究人员使用了苔藓、拟南芥和双色柠檬(海熏衣草)的组织。
Schiøtz等人在 《自然-方法》(Nature Methods)杂志上介绍了 "序列提取"(Serial Lift-Out)技术,该技术结合了HPF和高通量Cryo-FIB铣削技术,可从单个样本中提取多个薄片。这样就能对多细胞生物体进行体积取样,例如 C. elegans同时保持大面积组织的完整的超微结构。
在eLife中, Matsui等人 将HPF应用于小鼠脑组织,并将其与低温光电联用技术相结合,研究原生 海马突触 。他们的方法确保了神经回路的快速玻璃化,从而可以在原位对AMPA受体进行精确定位和结构分析。
Berger等人 (bioRxiv)证明了HPF与氙等离子FIB铣削技术的兼容性,实现了从厚样品中高通量制备薄片。他们的工作实现了近原子分辨率的重建,如 大肠杆菌4.0 Å 的 核糖体 ,强调了 HPF 在保护大分子结构方面的关键作用。
致谢
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Waffle Method: A general and flexible approach for improving throughput in FIB-milling.
Kelley, K., Raczkowski, A.M., Klykov, O. et al.
Nat Commun 13, 1857 (2022)。
Cryo-electron tomographic investigation of native hippocampal glutamatergic synapses
Aya Matsui, Cathy Spangler, Johannes Elferich, Momoko Shiozaki, Nikki Jean, Xiaowei Zhao, Maozhen Qin, Haining Zhong, Zhiheng Yu, Eric Gouaux
eLife 13:RP98458 (2024).